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这些研究机构在改革开放后，高等教育事业发展初期便已开始进行高等教育的理论研究，积极广泛进行学术交流，并招收研究生，开展人才培养工作，在高等教育学学科发展史上做出了重要贡献。
在新的时代背景下，这类研究机构将迎来新的发展机遇，不断产出高等教育学新的研究成果。
第二类研究机构或以高等教育研究中心形式独立运行，或已划归高校行政部门，虽没有取得第一类研究机构那样卓越的学术成果，但能聚焦本校的高等教育事业，形成高校建设的研究团队，为高校发展出谋划策。
有的研究机构获批招收研究生，进行人才培养，在未来的发展中将在高校层面继续发挥作用。
第二种，勉强维持基本生存。
此种发展状态的研究机构，多数已改制为高校行政部门，或成为某类行政部门下设处室。
因建制不同，机构人员已不再开展高校的理论研究，转向高校的高等教育实践活动，从事高校的运行和管理，不作为学术机构，无法招收研究生，聘用人员也以从事行政工作为主，理论研究工作停滞不前，可谓“有名无实”
。
第三种，已被裁撤或将被裁撤。
在高校着手整合资源、精简机构之际，部分研究机构成为被裁撤对象。
究其原因，或与领导理念有关，或与成果不足有关，或与功能重叠有关。
裁撤并非全无好处，精简机构有利于资源的合理配置，将高等教育研究下放至各学院或划归发展规划部门，能够与本校的发展密切结合，为本校发展服务。
有研究者对全国优秀高等教育研究机构评选活动中获奖的高等教育研究机构研究后认为，优秀高等教育研究机构作为我国高等教育研究机构中的典型代表，高度重视自身建设，积极采取一系列有效举措进行组织变革和制度创新，呈现出明确的目标定位和发展规划、雄厚的学术力量支持、注重决策咨询服务三方面特征。
①厦门大学、北京大学、华东师范大学、华中科技大学等高校的高等教育研究机构正是优秀高等教育研究机构的典型代表。
厦门大学高等教育科学研究所在1992年进入第三个发展阶段，在潘懋元带领下，聚焦高等教育开展工作，取得了诸多研究成果，为高等教育学学科发展做出了重要贡献。
北京大学高等教育科学研究所的高等教育学学科通过理论方面的不断探索和高等教育发展中的现实问题研究，逐步形成了三个特色鲜明的研究方向：高等教育政策与管理；国际比较高等教育研究；学术、学术制度与学术训练。
其在这三个研究方向取得了一批具有影响力的学术成果。
①华东师范大学高等教育研究所的目标与使命是致力于培养具有创新意识和国际视野，立志在高等教育及相关领域从事教学、研究和管理工作的高级人才。
华中科技大学教育科学研究院坚持不同于师范大学发展教育学科的道路，注意探索在理工科大学发展教育学科的经验，在国内率先开展大学文化素质教育研究，率先倡导开展院校研究，形成了一系列研究成果。
②此外，还有多所高校的高等教育研究机构也为高等教育学的学科发展做出了积极贡献。
（二）发展阶段高等教育研究机构的交流
1992年10月6日至9日，全国高等学校高教研究所（室）第二次工作会议在上海国际教育交流中心举行。
会议主要围绕两个中心议题进行研讨：一是如何认清改革开放的新形势和明确新形势下高等教育研究的任务；二是如何搞好高教研究机构的自身建设和发挥高教研究机构的作用。
此后几年，学者们愈发认为，建立一个高等教育研究机构的领导组织，对开展高等教育理论研究、促进高等教育研究机构沟通交流是十分必要的。
2001年12月25日至26日，中国高等教育学会在北京科技大学召开了全国教育科学研究机构工作座谈会。
与会代表分析了当前我国高等教育面临的国际、国内形势和任务，在加强高等教育科学研究机构的建设和研究工作、加强交流和协作方面取得了共识，在建立“全国高等教育科学研究机构协作组”
（后更名为“全国高等教育研究机构协作组”
）的问题上取得了一致意见并宣告协作组正式成立。
全国高等教育研究机构协作组成立后，多次召开会议，就高等教育学的发展、研究生培养工作、高等教育科研机构服务高等教育发展和改革、高等教育研究机构建设等问题进行讨论交流，推动了高等教育研究机构的完善和发展。
2002年8月8日至10日，全国高等教育研究机构协作组举办、天津市教委和天津高教学会承办的省市级高教研究机构协作会议在天津塘沽经济开发区召开。
会议主题是“省级高教科研机构怎样为地方高教的发展和改革服务”
。
2005年11月12日至13日，中国高等教育学会在北京召开全国优秀高等教育研究机构表彰大会暨高等教育研究机构协作组会议。
潘懋元做了“中国高等教育研究机构的发展历程和新时期的任务”
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