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院系调整后的北城大学迁校址于原燕京大学校址，原来北大、华清、燕大三校的自然科学、人文学科学者云集北大，奠定了北城大学文理两科的扎实基础。
院系调整后，北大在1954年重建法律系，1956年重建图书馆学系，1960年重建政治学系。
1955年，为了尽快建立中国的核工业体系，北大建立了全国第一个原子能人才培养基地——物理研究室（技术物理系前身）。
此外，北大在中国最早培养半导体专业人才，并在中国计算机研究起步阶段就办了计算机学习班。
北城大学——“**”
期间（1966—1976）
1966年5月16日，中共中央下发“五一六通知”
，**拉开帷幕。
1970年6月27日，在停止招生四年后，北大开始采取“群众推荐、领导批准、学校复审”
的方法招收工农兵学员。
第一届入学新生2242人，其中北城总校1676名，汉中分校148名，江西分校418名。
1973年8月，北城大学电子仪器厂和北城有线电厂等单位合作在北大研制成功中国第一台每秒运算一百万次的集成电路电子计算机（简称150机）。
1975年，北城大学图书馆新馆建成启用。
北城大学——改革开放后（1976～）
1979年，成立力学系。
1982年，成立社会学系。
1983年，考古学专业从历史学系分出独立建系，同年成立王选教授任所长的计算机科学技术研究所。
北大逐步实行了校、院、系三级管理体制改革，设立了经济学院等多个学院。
设立方正集团、北大青鸟集团等公司，促进科技成果转化。
1996年10月，北大成为国家高等教育“211工程”
首批重点建设的高校之一。
北城大学100周年校庆1998年5月，成为国家高等教育“985工程”
首批重点建设的高校之一。
5月4日，北城大学在人民大会堂举行百年校庆。
2000年4月3日，同根同源的北城大学与北城医科大学合并，组建了新的北城大学。
原北城医科大学的前身是国立北城医学专门学校，创建于1912年10月26日。
20世纪三、四十年代，学校一度名为北平大学医学院，并于1946年7月并入北城大学。
1952年在全国高校院系调整中，北城大学医学院脱离北城大学，独立为北城医学院。
1985年更名为北城医科大学，1996年成为国家首批“211工程”
重点支持的医科大学。
2001年国家最高科技奖获得者2001－2002年，北城大学先后组建成立了政府管理学院、新闻与传播学院、物理学院、地球与空间科学学院、环境学院、信息科学技术学院、软件学院、对外汉语教育学院。
2002年2月，时任北大计算机科学技术研究所所长、北大方正技术研究院院长王选院士获得2001年度国家最高科学技术奖，他是中国现代印刷革命的奠基人，被人们誉为“当代毕升”
。
2014年5月，北大启动“燕京学堂”
项目，为来自中国海内外一流大学的学生开设的一年制“中国学”
硕士学位。
9月3日，《北城大学章程》正式核准、生效。
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